Non conosco questo "Gadwin printscreen freeware", c'e' un motivo per cui lo preferisci alla funzione di salvataggio screenshot di cui sono dotati gli emulatori?
Purtroppo Dr. Who ricade in quella categoria di giochi che richiedono un'attenzione supplementare in fase di mappatura, perche' e' dotato di scrolling fluido a differenza di giochi come Moonshadow o Cybernoid (per restare in tema di mappe, porto ad esempio due titoli da me mappati) che hanno uno scrolling a schermata fissa. Quindi in fase di "cucitura" bisogna prestare molta attenzione a far combaciare perfettamente i pixel, e la cosa e' indubbiamente (molto) noiosa.
Come dici tu, poi, ci vorrebbe qualche accorgimento (trainer) che ti renda intangibile agli sprite nemici altrimenti metti seriamente a repentaglio l'incolumita' del tuo sistema nervoso. Sfortunatamente Dr. Who non utilizza la funzione hardware di sprite-collision del Vic-II, altrimenti bastava disattivarla tramite Vice per agire indisturbati.
In mancanza di un trucco che eviti la collisione puoi provare ad andare avanti con un utilizzo intensivo dei savestates, ma immagino che tu lo stia gia' facendo.
L'unica operazione automatizzabile dell'intero processo resta il ritaglio degli screenshot per eliminare le parti in eccesso presenti nella schermata di gioco (vite, punteggio, ecc.)