Il .D64 è un formato che riproduce in maniera digitale il supporto FLOPPY quindi si tratta, detto in altre parole, di una IMMAGINE speculare di quel formato.
Dal punto di vista dell'emulazione, il .D64 è in tutto e per tutto un floppy: stessa struttura, stesso numero di blocchi, settori eccetera...
Quindi, trasferendo un .d64 in un vero floppy, non troverai mai problemi di questo tipo.
Mi rendo conto che forse la mia spiegazione fa un pò acqua, ma spero di essere stato sufficientemente chiaro