Credo sia normale perdere l'accesso alla flash interna. È una caratteristica del Kernal DTV, quindi la conservi solo se il Kernal personalizzato deriva da quello.
Visto che il DTV permette l'uso di Kernal "lanciabili" come fossero normali programmi, ti conviene memorizzare il tuo JiffyDOS nella flash, in cima alla lista, così lo selezioni rapidamente dopo l'accensione o il reset.
Ma ti consiglio di metterlo prima su dispositivo esterno (SD, Floppy, ecc.) e fare qualche test, perché ho letto che il Jiffy sul DTV reale può dare problemi.