Puoi utilizzare tranquillamente il cc65 per sviluppare applicazioni per il C64.
Il riferimento all'emulatore, riguarda il fatto che il cc65 e' un ambiente di compilazione cross, cioe' lo sviluppo delle applicazioni (target, in questo caso C64, ma puoi anche sviluppare per C128, Apple2, Atari) avviene su di un piattaforma differente (hard&soft).
E' quindi logico che l'eventuale test del codice oggetto (C64) avvenga tramite l'utilizzo di un emulatore.
In pratica posso sviluppare l'applicazione sotto linux (faccio il mio esempio), utilizzando editor/IDE e testare (debug) l'applicazione tramite VICE sempre sotto linux.
Quando il programma e' ok, lo trasferisci al C64 e lo fai girare li...
ciao