Quando hai terminato di associare i tasti, seleziona il "keyset" per i joystick sia in porta 1 che in porta 2. (ricorda che se siete in due a giocare è necessario stabilire un differente keyset per il giocatore 2).
Sconsiglio di associare entrambe le porte se non è necessario.
Di regola si associa una porta per volta, che poi con lo switch delle porte proprio dell'emulatore (presente sicuramente nel CCS ma credo ormai anche nel VICE) si cambia da una porta all'altra. Ovviamente questo non vale se si è in due a giocare.
Ma tenere entrambi i joystick virtuali collegati riduce pur sempre il numero di tasti usabili (senza contare il "fastidio" che danno i movimenti del joy in porta 1).
PS Contrariamente a quanto si può pensare per chi è alle prime armi, almeno l'80% dei giochi usa il joystick in porta 2 per il primo (e/o unico) giocatore, questo per svariati motivi, su tutti il "fastidio" citato sopra, ma anche per abitudine dei programmatori.
Del resto visto che quasi tutti lo avevano già pronto in porta 2, chi te lo faceva fare di costringere il giocatore a cambiare la porta con gli ovvi rischi -anche se a me sinceramente non sono mai avvenuti- di danneggiare l'hardware con un cambio porta "a caldo"?
