Provero' innanzi tutto a scrivere all'autore dell'utility, se puo' modificare il join con piu' parametri.
Ti anticipo comunque che Carmine è molto impegnato a livello lavorativo (peraltro non a due passi da casa) e non so quindi né se abbia tempo e modo di risponderti né tantomeno so dirti se possa accontentarti.
Per quanto riguarda il batch, tieni comunque conto che i nomi che crea STAP sono sempre gli stessi (alla faccia della mia richiesta di usare i nomi dei file, quindi una volta tanto un bug è diventato una feature), quindi per il tuo problema (cioè quello di "estrarre" parti diverse di 3 cassette "uguali" ma non funzionanti del tutto in punti diversi, con lo scopo di creare un dump "buono") dovrebbe bastarne uno solo (di batch dico) perché una volta usato STAP (in 3 directory diverse, una per ogni tap "originale") basta prendere tutti i tap "buoni", metterli in una directory, e quasi certamente avranno già i loro nomi in ordine tapABCD.tap dove ABCD è un numero progressivo da 0000 a 9999.
Quindi una volta fatto un join con un batch tipo questo, che è un esempio per una cucitura di 12 tap diversi.
Immaginando che i file si chiamino da tap0001.tap a tap0012.tap (se c'è uno zero in più va aggiunto):
@ECHO OFF
jtap tap0001.tap tap0002.tap tap1001.tap
jtap tap0003.tap tap0004.tap tap1002.tap
jtap tap0005.tap tap0006.tap tap1003.tap
jtap tap0007.tap tap0008.tap tap1004.tap
jtap tap0009.tap tap0010.tap tap1005.tap
jtap tap0011.tap tap0012.tap tap1006.tap
jtap tap1001.tap tap1002.tap tap2001.tap
jtap tap1003.tap tap1004.tap tap2002.tap
jtap tap1005.tap tap1006.tap tap2003.tap
jtap tap2001.tap tap2002.tap tap3001.tap
jtap tap3001.tap tap2003.tap finale.tap
del tap10??.tap
del tap20??.tap
del tap30??.tap
che si fa in 2 minuti con un copia e incolla, non ci saranno più problemi, visto che una cosa del genere è perfettamente "generica". Devi solo rinominare "finale.tap" col nome della cassetta completa.