Quello che vedi a partire da 2049 dopo aver caricato il prg è un decruncher, in pratica qualcosa che scompatta il Simons' Basic nelle locazioni "giuste" ($8000-9FFF, corrispondenti a quelle della cartuccia) e poi "avvia la macchina" col Simons' Basic caricato (in RAM).
Il disassemblato lo puoi vedere direttamente dal monitor del VICE quando il Simons' Basic è partito, per esportarlo (su un file di testo) non saprei dirti su due piedi, ma immagino che si possa iniziare dall'esportare un dump della memoria...
Complessivamente però, se ti sei perso prima di arrivare a questo punto, mi sa che devi studiare ancora un po' prima di pensare di modificarlo. Come sono le tue conoscenze di assembly? La sezione Libri del sito contiene alcune risorse utili per cominciare o approfondire una prima conoscenza, vedasi thread
Programmazione a Basso Livello.