Premesso che sono un dilettante, quindi si spera che qualcuno più esperto voglia aiutarti perchè adesso sparerò un po' di idee dal mucchio che mi vendono in mente sperando di non confonder le tue o allontanarmi dall'obbiettivo della riparazione semplice e pulita che probababilmente ti eri prefissato.
Per iniziare, su due piedi, mi sentirei di escludere a priori solo il tuner perchè l'amplificatore del chroma sta funzionando (altrimenti non avresti quell'accenno di colore quando sposti R27 dove tutto il segnale video viene sfasato sporcando l'onda della csync ma facendo trovare una porzione di chorma dovrebbe stare all'incirca (quindi video instabile da una parte e un pezzo di colore nel range).
Hai scritto che il clock è ok, ma a quale ti riferisci? Se hai un'attrezzatura non amatoriale che solitamente è lontana dalle misurazioni in mhz, conviene ricontrollarli. Ti giro un link che, senza troppi giri di parole, è abbastanza chiaro se non l'hai già letto
https://codebase64.org/doku.php?id=base:cpu_clocking .
L'ultimo attore in questione che mi viene in mente è il TV che non hai citato se non erro, sei in composito? svideo, antenna? Hai lo stesso scenario anche in svideo (con resistore da 330ohm sul chroma per i tv con la predisposizione che senza se usi, ad esempio, un monitor commodore con gli rca)? Hai provato a cambiarlo o hai diversi c64 quindi escluderesti il collegamento a priori?
Se sei invece un modder credo che il nuovo VIC Kawari, che consente sia di uscire in HDMI, oltre che in RGBs ti "risolverebbe" il problema, ma, oltre al costo, sarebbe come mettere una coperta su una gobba di un cammello e dire che è stato "trasformato" in dromedario;
Altre opzioni simili e non necessariamente che fanno al tuo caso che mi vengono in mente, la cartuccia Turbo Chamaleon dovrebbe avere un'uscita video per conto suo VGA/RGB, idem il recente SideKick64 può reindirizzare il segnale video ponticellando la CPU sulla sua uscita video HDMI (e credo anche in composito via jack con un po' di smanettamento tra config e kernel) .