Effettivamente la routine di NEW nella ROM del BASIC inizia a 42562 ($A642).
Chi ha compilato la lista, però, evidentemente ha annotato questa informazione senza prendersi la briga di testare la SYS.
La routine infatti inizia con BNE $A641 (dove si trova un RTS). Per come funziona l'interprete, se esegui la SYS invece di dare il comando NEW, questo BNE ha risultato positivo e la routine torna al BASIC direttamente.
Se invece hai digitato NEW, correttamente e senza parametri, il branch non avviene e la routine continua da $A644; un'occhiata al disassemblato dovrebbe essere sufficiente a riconoscere la routine (scrive il doppio 0 di fine programma all'inizio dell'area BASIC e aggiorna i puntatori).